微生物菌肥有好多种，大体分为三种，一种是微生物菌肥，一种是微生物菌剂，一种是复合微生物菌肥。现在我们常用到的就是微生物菌肥和微生物菌剂。

微生物菌肥，一般比较低端，是在有机肥的基础上添加了有益菌做成的微生物菌肥。由于原料限制不能做到全部水溶，正常情况下都是秋天做底肥使用或者春天做底肥使用，效果比较好。在蔬菜产区，种植以前可以配合有机肥，底肥使用效果最好。

微生物菌剂，原料更加高级高端，可以做到全部水溶，可以冲施，也可以叶面喷雾。一般苗期抗病或者冬天最冷的时候，根系吸收不好，也可以冲微生物菌剂，刺激根系生长，保护根系不受病害侵染。

植物在生长过程中，整个生长期都可以用微生物菌肥或者微生物菌剂，但是用在底肥时注意不要伤根。在冲施过程中，主要注意不要和细菌性杀菌剂混合使用，容易造成有益菌死亡。多种肥料混用时，也一定注意肥料的酸碱度问题，酸性和碱性是不允许混用的。