有机肥的生产过程主要包括原料预处理、一次发酵和后处理三个阶段。

原料预处理阶段主要是将原料运到堆场后，经磅秤称量后，送到混合搅拌装置，不能和厂内生产、生活有机废水混合，必须用清水。然后加入有机生物发酵复合菌（每吨原料加1-2kg），并按原料成分（鸡粪：木薯渣或菇渣：秸秆=6：2：2）粗调堆有机肥料水分60%-65%、碳氮比为20-30，混合后进入下一工序。

配料时须先将红糖用水溶化，再加入有机肥发酵生物菌充分搅匀，然后将稀释液均匀泼洒在原材料上，并用搅拌机充分翻搅均匀。一次发酵阶段主要是将混合好后的原料用装载机送入一次发酵车间，堆成发酵堆，同时2天左右进行翻堆，并补充水分和养分，控制发酵温度在50℃～65℃（用手摸烫手），进行有氧发酵，本工程一次发酵周期为8天，每天进一池原料出一池半成品，发酵好的半成品出料后，准备进入下一工序。后处理阶段主要是将发酵好的半成品经过筛分、干燥、包装等工序，制成有机肥产品。